Advection and diffusion determine vertical distribution of microbial communities in intertidal sediments as revealed by combined biogeochemical and molecular biological analysis
Der anaerobe Abbau organischen Materials in Wattsedimenten umfasst mehrere Schritte. Der Fokus dieser Studie liegt auf den einleitenden Fermentationsprozessen. Im Rahmen dieser Arbeit wurde ein neuer experimenteller Ansatz entwickelt, bei dem Mikrokalorimetrie zur Ermittlung verschiedener Abbauschritte, chemische Analysen zur Aufklärung der Fermentationsprozesse und „stable-isotope probing“ (SIP) zur Identifizierung der aktiv substratassimilierenden Organismen miteinander kombiniert wurden. Es wurden Abbauversuche mit drei verschiedenen Modellsubstraten durchgeführt. Im ersten Teil dieser Studie wurde unmarkiertes Zellmaterial von Haloferax volcanii und Saccharomyces cerevisiae verwendet. Im zweiten und dritten Teil wurden 13C-markierte Substrate verwendet, um die aktiv fermentierenden Bakterien mittels SIP zu identifizieren. Im zweiten Teil wurde Glucose, im dritten Teil Biomasse von Spirulina als Substrat verwendet. <dt.>
The anaerobic organic matter degradation in tidal-flat sediments is a multi-phase process. The present study focused on the initial fermentation steps. A new experimental approach was developed which combines microcalorimetry to detect different degradation phases, chemical analyses to identify the fermentation processes and stable-isotope probing (SIP) to determine the actively substrate assimilating organisms. Degradation experiments with three different model substrates were conducted. In the first part of this study, unlabeled cell material of Haloferax volcanii and Saccaromyces cerevisiae was used. For the second and third part, 13C-labeled substrates were used to identify the actively fermenting bacteria via SIP. The substrate used for the second part was glucose, whereas Spirulina-biomass was used for the third part. <engl.>
von Melanie Beck ; Thomas Riedel ; Jutta Graue ; Jürgen Köster ; Nicole Kowalski ; C. S. Wu ; G. Wegener ; Y. Lipsewers ; Holger Freund ; Michael Ernst Böttcher
Vereinigung für Allgemeine und Angewandte Mikrobiologie Tagungsband zur VAAM-Jahrestagung 2009, Bochum, 8. - 11. März 2009 [Heidelberg] : Spektrum, 2009 (2009), Seite 127 242 S.
